Pica finamente el apio y la zanahoria, rebana los champiñones en láminas delgadas. Corta los jitomates cherry en mitades y ralla el queso mozzarella; reserva.
Corta la base de las cebollas, para que se sostengan. Retira la parte superior y elimina la mayor parte de la pulpa, guarda para otras recetas.
Calienta el agua y agrega las cebollas cuando empiece a hervir. Tapa el recipiente y cocina durante 15 minutos, cuida que queden crujientes y no muy suaves; escurre y reserva.
Saltea la zanahoria y el apio con el aceite caliente y salpimienta. Agrega los champiñones y los jitomates. Cocina durante 15 minutos, sin dejar de mover.
Rellena las cebollas con la preparación anterior y espolvorea encima el queso y el pan molido.
Hornea a 180 ºC, durante 10 minutos o hasta que el queso gratine.